VASP - Bader 电荷分析计算
chempeng / 2017-10-24
使用 VASP 进行 Bader 电荷分析,可以得到原子周围的电子数,从而近似得到原子的化合价。本文简单介绍 Bader 程序的安装与使用 VASP 进行 bader 分析的计算过程。
Bader 程序的安装
官方网站:http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
Download Select the appropriate platform to download a binary of the Bader analysis program:
- Linux x86-64 (ifort)
- Mac OS X, gfortran (ifort) The F90 source code is also available:
- Source Code (v1.0 01/11/17)
对于二进制文件,解压后添加可执行权限即可运行使用。
tar zxvf bader_lnx_64.tar.gz
chmod +x bader
对于源码,需进行如下编译
tar zxvf bader.tar.gz
cd bader
cp makefile.lnx_ifort makefile
make
VASP 计算处理
静态计算时,INCAR 添加标签 LAECHG =.TRUE.
SYSTEM=x
ISTART=0
ENCUT=350
EDIFF=1E-5
IBRION=2
POTIM=0.25
NSW=0
EDIFFG=-1E-2
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
PREC=ACCURATE
ISIF=2
NPAR=4
#LWAVE=FALSE
#LCHARG=FALSE
LREAL=Auto
#IALGO=48
ISYM=0
LAECHG =.TRUE.
提交任务,计算完成后生成文件 AECCAR0、AECCAR1、AECCAR2,执行
./chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2
./bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum
生成文件 ACF.dat、AVF.dat、BCF.dat,ACF.dat 文件包含价电子的电荷信息,如下所示
# X Y Z CHARGE MIN DIST ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
1 0.527018 1.280693 0.807511 3.177949 1.016776 28.833043
2 2.702306 3.774240 2.704479 3.181001 1.011214 28.792487
3 4.809415 1.279392 0.807589 3.181014 0.999778 28.866225
4 6.981827 3.774677 2.706145 3.175851 1.011242 28.765625
5 9.084467 1.282535 0.806659 3.183565 1.009432 28.813555
...
可做绘图处理