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Logseq 的 Zotero 配置及 Git 版本控制同步

Sun, 09 Jan 2022 00:00:00 +0000

本文基于 Win10, Logseq 0.5.8, Zotero 5.0.96.3 及 Termux v0.117 Logseq 可与 Zotero 实现联动1并可以实现 PDF 批注跳转2，目前 Logseq 并未提供同步服务，可借助第三方同步工具（坚果云等），此外也可通过 Git 上传至 Github 或 Gitee 等进行版本控制及云存储同步，但一般如 Github 有仓库大小限制，可将 Zotero 中的 PDF 附件通过知识管理软件 Zotero 的使用中附件同步方法分离存储在坚果云空间中，即可在 Logseq 中打开标注 PDF 又不占用 Github 的仓库空间，本文将简单介绍 Logseq 的 Zotero 配置方法，此外介绍 Logseq 安卓移动端的 Git 同步方法。 Logseq 的 Zotero 配置 Zotero 的 API 获取配置具体过程参见1，简单来说，进入 Zotero API 设置界面，为 Logseq 新建 Key，并将 Key ID 和 User ID 填入 Logseq 的 Zotero settings 中（设置 -> 编辑器 -> Zotero settings）。为分离存储 PDF 附件，需参照知识管理软件 Zotero 的使用使用 Zotfile 插件进行同步，注意 Logseq 的 Zotero settings中 Zotero linked attachment base directory 和 Zotero data directory 的设置，以下分别为 Zotero, Zotfile 和 Logseq 的设置，保持一致即可。

win10 家庭版内网远程控制

Sun, 05 Sep 2021 00:00:00 +0000

本文基于 Win10, 安卓手机或平板电脑（苹果手机或 Mac 电脑适用）需求：在内网环境下，手机或平板通过微软远程桌面功能远程控制 Win10 家庭版软件： SuperRDP GitHub | 下载 RDPWrap GitHub | 下载 Remote Desktop v8 下载 | v10 下载电脑端配置 Win10 家庭无法使用远程桌面功能，故通过软件绕过系统实现这一功能。控制面板 -> 系统和安全 -> 允许远程访问（系统）-> 勾选允许远程协助连接这台计算机安装运行 SuperRDP，使用说明见 GitHub 检测远程桌面是否启用成功，使用 RDPWrap 中 RDPCheck.exe 程序可登录，即启用成功拒绝访问，打开 RDPConf.exe，取消勾选 Single session per user，再尝试登录设置 -> 系统 -> 电源和睡眠 -> 睡眠改为从不远程端配置下载安装 Remote Desktop v8 或 v10 版本处于内网环境或通过 VPN 连接内网添加 Desktop，PC name 填无线网络 ipv4 地址，User name 填微软登录账户和密码即可，点击即可远程访问

almaBTE 1.3.2 离线安装

Thu, 14 Jan 2021 00:00:00 +0000

环境准备，intel 全家桶、cmake、hdf5-1.8.20 boost-1.68.0 编译 hdf5 wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.20/src/hdf5-1.8.20.tar.bz2 #集群若无法联网，自行下载导入服务器 tar -jxvf hdf5-1.8.20.tar.bz2 cd hdf5-1.8.20 ./configure --prefix=/xxx/hdf5-1.8.20 --enable-cxx make make isntall 可在 make 后使用 make check 检查安装是否成功，安装完成后在安装目录 hdf5-1.8.20/lib 下检查是否生成 libhdf5_cpp.so，加入环境变量 export PATH=$PATH:/xxx/hdf5-1.8.20/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/xxx/hdf5-1.8.20/lib export CPATH=$CPATH:/xxx/hdf5-1.8.20/include 编译 boost wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.68.0/source/boost_1_68_0.tar.bz2 tar -jxvf boost_1_68_0.tar.bz2 cd boost_1_68_0 ./bootstrap.sh --prefix=/xxx/boost_1_68_0 生成 project-config.jam，编辑该文加，在末尾加入 using mpi ; ，路径可通过 which mpicc 查询，加入， using mpi : /xxx/bin/mpicc ; 继续编译， ./b2 ./b2 install 编译完成后，检查安装目录下存在 libboost_mpi.so、libboost_mpi.a 等。编译 almaBTE wget http://www.

Hello fish shell

Wed, 08 Aug 2018 00:00:00 +0000

Finally, a command line shell for the 90s.

VASP 固定基矢优化结构

Mon, 19 Mar 2018 00:00:00 +0000

一般对于三维材料的结构晶格参数优化有两种方法（教程参见 Learn VASP The Hard Way）：

而上述方法对于优化表面，二维或者一维体系不适用，优化此类材料时，必须固定一个或两个晶胞方向不优化。一般可通过晶格参数扫描再拟合函数实现，引侯柱峰老师对该类问题解答回帖。

Castep 与 vasp+phonopy 声子谱计算

Tue, 06 Mar 2018 00:00:00 +0000

本文分别介绍 Materials Studio 中的 Castep 模块和 vasp+phonopy 使用 Finite difference method 和 DFPT 方法进行声子谱计算。

The plane-average electron difference in VASP

Wed, 29 Nov 2017 00:00:00 +0000

在VASP的差分电荷密度计算及图像处理 VASP 的差分电荷密度计算及图像处理中介绍了差分电荷密度的计算方法与三维图像处理，在文献中常常能见到二维的差分电荷图与平均到某个方向的差分电荷曲线（如图）。一般二维的差分电荷密度图在 VESTA 中 Utilitie / 2D Data Display 便可以进行处理，本文简单介绍一下平面平均差分电荷 (The plane-average electron difference) 的数据处理方式。

VASP - Bader 电荷分析计算

Tue, 24 Oct 2017 00:00:00 +0000

使用的工具： VASP, Bader， chgsum.pl

使用 VASP 进行 Bader 电荷分析，可以得到原子周围的电子数，从而近似得到原子的化合价。本文简单介绍 Bader 程序的安装与使用 VASP 进行 bader 分析的计算过程。

Graphic Instructor 进行量化计算（VASP）与分析

Sat, 16 Sep 2017 00:00:00 +0000

All-in-tool of VASP or QE

同里古镇 • 苏州游记

Mon, 04 Sep 2017 00:00:00 +0000

日期：2017/5/27 - 2017/5/30
行程：芜湖/南京 - 同里古镇 - 苏州

写在前面的话莫过于一句，念念不忘，必有回响。

The Calculation of Carrier Mobility for 2D Materials

Fri, 01 Sep 2017 00:00:00 +0000

The screenshot of ppt

HSE Functional for Band Structures in VASP

Sat, 24 Jun 2017 00:00:00 +0000

VASP the GUIDE: Hartree-Fock (HF) type and hybrid functional calculations
VASPwiki: Tutorial on hybrid functionals
Related discussion: How can I calculate the DOS by using HSE06 in vasp?

Unix/Linux 及 vi 编辑器基本命令参考

Thu, 15 Jun 2017 00:00:00 +0000

Starting a Terminal. Continually updated…

The Installation of Sci-hub Plugin

Sun, 21 May 2017 00:00:00 +0000

A lawsuit isn’t going to stop [Sci-Hub], nor is there any obvious technical means. Everyone should be thinking about the fact that this is here to stay. – Peter Suber, Harvard University

VASP 计算问题小结

Thu, 18 May 2017 00:00:00 +0000

本文转载自博主一个人就是一个叠加态，有部分删减修改，文中对相关概念方法做了详细的总结，留坑待填…

知识管理软件 Zotero 的使用

Sun, 07 May 2017 00:00:00 +0000

Zotero 简介

Zotero [zoh-TAIR-oh] is a free, easy-to-use tool to help you collect, organize, cite, and share your research sources.

Zotero 是一个免费且易用的工具，可以帮助你收集、整理、引用和分享你的研究资讯。

杭州-乌镇小记

Wed, 05 Apr 2017 00:00:00 +0000

日期：2017/4/2 - 2017/4/4
行程：芜湖/上海/池州 - 西湖 - 乌镇 - 嘉兴

大学计划多时的新马泰（大兴马集太和）三日游一直未果，时值清明公假，一来为放松心情，二来朋友许久未见甚是想念，便邀约杭州一聚，小辉和浩子已然参加工作，各种琐事绊扰，相聚着实不易。

VASP 的 PDOS 计算及 P4vasp 的后处理

Tue, 28 Mar 2017 00:00:00 +0000

使用的软件：VASP, Origin, SshClient, p4vasp The LDOS, or local density of states, is the the density of state at a particular site of a crystal with some asymetry. For example: A slab will have a different band structure on the surface than in the bulk region. The PDOS is a projected density of states. In the context of VASP this means site-projected DOS, where the information about the different contributions of the different orbitals is computed.

Writing a Paper

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

By George M. Whitesides 1. What is a Scientific Paper ? A paper is an organized description of hypotheses, date and conclusions, intended to instruct the reader. Papers are a central part of research . If you research does not generate papers, it might just as well not have been done. “Interesting and unpublished” is equivalent to “non-existent”. Realize that your objective in research is to formulate and test hypotheses, to draw conclusions from these tests, and to teach these conclusions to others.

VASP 的光学性质计算及 vaspkit 的安装与使用

Fri, 17 Mar 2017 00:00:00 +0000

使用的软件：VASP, Origin, SshClient, vaspkit 一光学性质计算在完成结构优化和静态计算后，拷贝 scf 文件夹为 optic cp -rf scf optic 编辑 optic 文件夹下 INCAR INCAR SYSTEM=x ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=-1 # change POTIM=0.25 NSW=0 # change EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=1 # change 4 to 1 #LWAVE=FALSE #LCHARG=FALSE LREAL=Auto #IALGO=48 ISYM=0 NBANDS=x # add LOPTICS=.TRUE. # add 注：NBANDS=x x 为 OUTCAT 中 NBANDS*2, 可使用 grep 命令查询 grep NBANDS OUTCAR 提交作业，计算完成后，可查看 OUTCAR 文件，有计算得出介电常数 (Dielectric constant) 的实部和虚部。

科技论文写作

Tue, 28 Feb 2017 00:00:00 +0000

一标题 Title NOTES 标题需要简单，有效，准确的体现文章的内容。使用适合所投期刊类别 (scope) 的词语。避免使用描述性词语 (Descriptive words)，如 Study, Investigation, or Demonstration，因为它们会降低文章的独特性。避免使用过度或不必要的形容词，如 Significant Enhancement, Highly Efficient, Novel, Facile, or Green,。避免在标题中插入一系列的关键词，关键词选取利于文献检索即可，过多则影响文章吸引力。二摘要 Abstract An abstract should be written in such a way that any reader who is not familiar with the topic will be able to understand and appreciate the main points of the study. 简单介绍该研究的背景现况。总结研究所使用方法及关键性结果。表明研究的重要性，如该研究在更广泛背景下的意义或可能的应用。 NOTES 不要在摘要中引用文献及文中图表。缩写和首字母缩略词应在首次使用时加以定义。 Examples of Abstracts 三引言 Introduction A good introduction requires that the authors fully understand the significance of their work and how it fits in with the current knowledge in a specific area.

VASP的差分电荷密度计算及图像处理

Sun, 26 Feb 2017 00:00:00 +0000

使用的软件：VASP, VESTA, SshClient Definition 差分电荷密度 (deformation charge density) : 成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差。通过差分电荷密度的计算和分析，可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质。二次差分电荷密度（difference charge density）：指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布。一差分电荷密度计算 Charge density difference of system AB: ∆ρ = ρAB − ρA − ρB NOTE: AB, A, B 需放在相同大小的空间格子。 In calculation of the latter two quantities, the atomic positions are fixed as those they have in the AB system. Some NGX NGY NGZ 结构优化后的自洽计算 mkdir AB mkdir A mkdir B INCAR file SYSTEM=X ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=-1 POTIM=0.

VASP的电荷密度计算及图像处理

Fri, 06 Jan 2017 00:00:00 +0000

使用的软件：VASP, VESTA, EidtPlus，SshClient 一电荷密度计算在能带计算完成基础下，拷贝 band 文件夹为 charge cp -rf band charge 编辑 charge 下文件 INCAR SYSTEM=x # x 为注释名 #ISTART=1 # 修改 #ICHARG=1 # 修改 #LORBIT=11 # 修改 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=2 #POTIM=0.25 # 修改 NSW=0 EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=4 LWAVE=FALSE #LCHARG=FALSE LREAL=Auto #IALGO=48 ISYM=0 LPARD=.TRUE. # 增加，注意打点 IBAND=xxx yyy # 价带顶和导带底所在行数 #KPUSE=1 2 3 4 # 增加 LSEPB=.TRUE. # 增加 LSEPK=.FALSE. # 增加提交作业，作业完成后，得 PARCHG.

VASP的能带计算与绘图

Wed, 04 Jan 2017 00:00:00 +0000

使用的软件：VASP, Origin, EidtPlus 辅助分析计算的小程序：gk.x, pbnf.x 一能带计算 1 结构优化建立opt文件夹，编辑以下文件： INCAR SYSTEM=x # x为注释名 ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=2 POTIM=0.25 NSW=100 EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=4 LWAVE=FALSE LCHARG=FALSE LREAL=Auto IALGO=48 ISYM=0 KPOINTS auto 0 Monkhorst x y z # x y z 为K点选取 0 0 0 POSCAR 导入在 Materials Studio 中转换的坐标信息 POTCAR 导入赝势库中的原子信息，例：GeS cat ~/xxx/PBE/Ge/POTCAR > POTCAR # ~/xxx 为赝势库存放路径 cat ~/xxx/PBE/S/POTCAR >> POTCAR # 原子赝势导入顺序以POSCAR中为准如果是集群，还需提交作业的脚本 vasp.job 如下

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Hello, I am chempeng. I am a PhD student in condensed matter physics currently living in ShangHai. If you want to get in touch with me, email is best.

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Software: Vasp: https://www.vasp.at/ Qe: http://www.quantum-espresso.org/ Vaspkit: https://vaspkit.com/ Pymatgen: https://pymatgen.org/ Ase: https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ Phonopy: https://phonopy.github.io/phonopy/ Epw: http://epw.org.uk/ BoltzTraP2: https://gitlab.com/sousaw/BoltzTraP2/-/wikis/home ShengBTE: http://www.shengbte.org/ Yambo: http://www.yambo-code.org/wiki/index.php?title=Tutorials almaBTE: http://www.almabte.eu/ Alamode: https://alamode.readthedocs.io/en/latest/intro.html Vesta: http://jp-minerals.org/vesta/en/ Xcrysden: http://www.xcrysden.org/ Book: Density Functional Theory: A Practical Introduction Quantum Chemistry Electronic Structure 群论及其在固体物理中的应用

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